フリーランス（個人）に対する支払い全てに源泉徴収が必要というわけではありません。
対象の業種やその内容については、下記の国税庁のサイトに詳しく掲載されています。
http://www.nta.go.jp/shiraberu/ippanjoho/pamph/gensen/aramashi2007/mokuji/05/01.htm
自分の場合はWeb制作ですが、企業からご依頼いただいた場合、デザインとコーディングで料金を分けています。
その場合、デザイン費のみ源泉徴収が必要となり、コーディングについては対象外となります。
企業との契約内容によっては、デザインとコーディングを一式にして、総額に対し源泉徴収する事もあります。
少々ややこしいですが、トラブルにならないように認識しておく必要があります。