気になっている人がいると思い投稿しました。
結論から言うと、SEOの影響はほとんど無いと思われます。
実際にクライアントのサイトで変更する機会があり、確認してみましたが影響は無く、自分のサイトでも検証してみましたが、影響はありませんでした。
仮に、少し影響が出たとしても、すぐに解消される問題かと思われます。
トップページに限らず下層ページでも、「html」から「ｐｈｐ」に変更しても影響は無いようです。
ただ、そのページに対してリンク設定をしている場合は、該当箇所を変更する必要があるのでお忘れなく。